En 1997, les deux albums du Ministère A.M.E.R. sont ressortis en édition limitée double album. Un nouvel album du groupe est annoncé depuis 1998. Un temps rebaptisé Plan B, le groupe sort plusieurs morceaux sous ce nom avant de reprendre son appellation initiale en 2002, avec le morceau On devrait (L'avenir est dans nos voix) enregistré après le score de Jean-Marie Le Pen au premier tour de l'élection présidentielle.

Puis plus rien jusqu'en 2005 où figure sur la compilation Illicit projet produite par Medeline, le titre J'aime le rap, sur lequel ils rappent avec G-Kill du groupe 2 Bal.

Toujours en 2005, des parlementaires conduits par le député François Grosdidier incluent, dans une plainte au Garde des Sceaux, le groupe parmi ceux dont les chansons « constituent une incitation au racisme et à la haine ». Juin 2006 la plainte est jugée irrecevable et Ministère AMER est relaxé alors que Stomy Bugsy risquait 3 ans de prison.

Aujourd'hui, Doc Gyneco ne fait plus partie du groupe. Ce dernier est composé de Hamed Däye, Passi et Stomy Bugsy.


Discographie
1992 : Pourquoi tant de haine
1994 : 95200

Apparitions
1995: Sacrifice de poulet (La Haine, musiques inspirées du film)
1997: La Solidarité noire avec Tout simplement noir, Doudou Masta (Tout Simplement Noir 2)
1997: Telle une bombe avec Neg Marron, Ideal J)
1998: J'avance pour ma famille (avec Arsenik et La Rumeur)
2002: On devrait
2002: À chacun son Français, feat Sales Gosses

Polémique
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Suite aux émeutes de novembre 2005, 153 députés de droite et 49 sénateurs demandent au ministère de la justice d'envisager des poursuites à l'encontre de plusieurs groupes de rap, dont Ministère AMER, pour incitation au racisme anti-blanc et à la haine de la France. Ces plaintes ensuite ont été jugées comme non recevables parce que ces extraits datent de plus de 10 ans avant les faits reprochés et qu'il a été dit que ces mesures n'étaient que des mesures racistes envers les rappeurs noirs et maghrébins. Mais aussi parce qu'après le passage de Jean-Marie Le Pen au second tour, en 2002, ils ont fait un titre, la même année, On devrait, qui incite les jeunes à aller voter.

Ces accusations ils les justifient notamment à partir de quelques extraits :

Les Cloches du diable

Satan est-il ton président ?/Pan ! dans tes dents/je m'adresse à toi petit blanc/je baise ton gouvernement/tu me diras/pourquoi tant de haine?/avec la sale haleine/je te dirai/ta mère/ta sœur/cette chienne /kiffe l'Afrique/ma trique/ma zic/logique/ elle veut un négro voudrai s'faire My-Sto

Je flirte avec Le meurtre

j'aimerais voir brûler Panam au napalm sous les flammes façon Vietnam ses beaux quartiers ses hôtels particuliers ses musées édifices en pierre taillée l'Assemblée et sans oublier Matignon et l'Elysée quelle chance quelle chance d'habiter la France dommage mon petit que ta mère ne t'ait rien dit sur ce putain de pays où 24 heures par jour et 7 jours par semaine J'ai envie de dégainer sur des f.a.c.e.s. d.e. c.r.a.i.e. faces de craie bien placées qui veulent m'empécher d'en placer une"

Nègres de la pègre

j'ai tant de haine?/négro/la France nous prend pour des cons/elle sera notre paillasson

Paradis

Au village des visages pâles ti mal ?/je les fixe dans mon zoom- zoom/Boum ! Boum !/Dans Pim et Pam et Poum/on les goume-goume/anéantir/partir rentrer dormir/baiser la cour d'assises/telle est la devise


Parodies
Ministère A.M.E.R. a été parodié par Fatal Bazooka dans leur album T'As Vu ?. La dernière chanson de l'album, Crêpes Au Froment, est chantée avec un groupe de rap fictif appelé Finistère Amer, représenté comme breton.